１９２０年，伯特利教會總會在中國上海創立教會、神學院、醫院、護士學校、孤兒院、中小學、幼稚園等。１９８３年香港伯特利教會在神的帶領下，接辦了「慈雲山基甸幼稚園」並為兒童提供優之良師資及設備，引導兒童認識耶穌基督，啓發兒童心智發展，培養優良品德及好體格並為進階小學奠定良好的基礎為宗旨。１９９０年隨著舊校樓宇遷拆，故遷往現址，並重新命名為「香港伯特利教會基甸幼稚園」。隨著社會的需求，本校更於２００７年增設兩歲預備班，使學前服務更趨完善，為適齡兒童提供優質的教育。